下記を functions.php に書いて、どうぞ。

$tokyo_state = array (
	array( 'label' => '千代田区', 'slug' => 'chiyodaku' ),
	array( 'label' => '中央区', 'slug' => 'chuoku' ),
	array( 'label' => '港区', 'slug' => 'minatoku' ),
	array( 'label' => '新宿区', 'slug' => 'shinjukuku' ),
	array( 'label' => '文京区', 'slug' => 'bunkyoku' ),
	array( 'label' => '台東区', 'slug' => 'taitoku' ),
	array( 'label' => '墨田区', 'slug' => 'sumidaku' ),
	array( 'label' => '江東区', 'slug' => 'kotoku' ),
	array( 'label' => '品川区', 'slug' => 'shinagawaku' ),
	array( 'label' => '目黒区', 'slug' => 'meguroku' ),
	array( 'label' => '大田区', 'slug' => 'otaku' ),
	array( 'label' => '世田谷区', 'slug' => 'setagayaku' ),
	array( 'label' => '渋谷区', 'slug' => 'shibuyaku' ),
	array( 'label' => '中野区', 'slug' => 'nakanoku' ),
	array( 'label' => '杉並区', 'slug' => 'suginamiku' ),
	array( 'label' => '豊島区', 'slug' => 'toshimaku' ),
	array( 'label' => '北区', 'slug' => 'kitaku' ),
	array( 'label' => '荒川区', 'slug' => 'arakawaku' ),
	array( 'label' => '板橋区', 'slug' => 'itabashiku' ),
	array( 'label' => '練馬区', 'slug' => 'nerimaku' ),
	array( 'label' => '足立区', 'slug' => 'adachiku' ),
	array( 'label' => '葛飾区', 'slug' => 'katsushikaku' ),
	array( 'label' => '江戸川区', 'slug' => 'edogawaku' ),
	array( 'label' => '八王子市', 'slug' => 'hachiojishi' ),
	array( 'label' => '立川市', 'slug' => 'tachikawashi' ),
	array( 'label' => '武蔵野市', 'slug' => 'musashinoshi' ),
	array( 'label' => '三鷹市', 'slug' => 'mitakashi' ),
	array( 'label' => '青梅市', 'slug' => 'omeshi' ),
	array( 'label' => '府中市', 'slug' => 'fuchushi' ),
	array( 'label' => '昭島市', 'slug' => 'akishimashi' ),
	array( 'label' => '調布市', 'slug' => 'chofushi' ),
	array( 'label' => '町田市', 'slug' => 'machidashi' ),
	array( 'label' => '小金井市', 'slug' => 'koganeishi' ),
	array( 'label' => '小平市', 'slug' => 'kodairashi' ),
	array( 'label' => '日野市', 'slug' => 'hinoshi' ),
	array( 'label' => '東村山市', 'slug' => 'higashimurayamashi' ),
	array( 'label' => '国分寺市', 'slug' => 'kokubunjishi' ),
	array( 'label' => '国立市', 'slug' => 'kunitachishi' ),
	array( 'label' => '福生市', 'slug' => 'fussashi' ),
	array( 'label' => '狛江市', 'slug' => 'komaeshi' ),
	array( 'label' => '東大和市', 'slug' => 'higashiyamatoshi' ),
	array( 'label' => '清瀬市', 'slug' => 'kiyoseshi' ),
	array( 'label' => '東久留米市', 'slug' => 'higashikurumeshi' ),
	array( 'label' => '武蔵村山市', 'slug' => 'musashimurayamashi' ),
	array( 'label' => '多摩市', 'slug' => 'tamashi' ),
	array( 'label' => '稲城市', 'slug' => 'inagishi' ),
	array( 'label' => '羽村市', 'slug' => 'hamurashi' ),
	array( 'label' => 'あきる野市', 'slug' => 'akirunoshi' ),
	array( 'label' => '西東京市', 'slug' => 'nishitokyoshi' ),
	array( 'label' => '西多摩郡瑞穂町', 'slug' => 'nishitamagun_mizuhomachi' ),
	array( 'label' => '西多摩郡日の出町', 'slug' => 'nishitamagun_hinodemachi' ),
	array( 'label' => '西多摩郡檜原村', 'slug' => 'nishitamagun_hinoharamura' ),
	array( 'label' => '西多摩郡奥多摩町', 'slug' => 'nishitamagun_okutamamachi' ),
	array( 'label' => '大島町', 'slug' => 'oshimamachi' ),
	array( 'label' => '利島村', 'slug' => 'toshimamura' ),
	array( 'label' => '新島村', 'slug' => 'niijimamura' ),
	array( 'label' => '神津島村', 'slug' => 'kozushimamura' ),
	array( 'label' => '三宅島三宅村', 'slug' => 'miyakejima miyakemura' ),
	array( 'label' => '御蔵島村', 'slug' => 'mikurajimamura' ),
	array( 'label' => '八丈島八丈町', 'slug' => 'hachijojima hachijomachi' ),
	array( 'label' => '青ヶ島村', 'slug' => 'aogashimamura' ),
	array( 'label' => '小笠原村', 'slug' => 'ogasawaramura' ),
);
$parent_term = wp_insert_term('東京都', 'category', array('label' => '東京都', 'slug' => 'tokyo'));
// カスタムタクソノミーに追加する場合は、上記の第二引数 'category' を適宜変更

if(!is_wp_error($parent_term)){
	$parent_term_id = $parent_term['term_id'];
	foreach($tokyo_state as $state){
		$state['parent'] = $parent_term_id;
		wp_insert_term($state['label'], 'category', $state);
		// カスタムタクソノミーに追加する場合は、上記の第二引数 'category' を適宜変更
	}
}